Fumigace je nejúčinnější metoda likvidace skladištních škůdců a mikroorganismů. K fumigaci se využívají plynné pesticidy nebo fumiganty (nejčastěji HCN a PH3), které spolehlivě proniknou do všech i těžko dostupných prostor vč. ošetřované plodiny nebo napadeného dřeva a vyhubí veškeré cizopasníky.

Fumigace se používá také při zpracování zboží určeného k dovozu nebo vývozu, aby se zabránilo přenosu exotických organismů.